La película tiene su inicio cuando en 1919, el vizconde Raoul de Chagny, ya anciano, asiste a una subasta en el antiguo Teatro de la Ópera en París, del cual alguna vez fue patrocinador,donde encuenta a Madame Giry. Después de que se ofrezcan varios objetos pertenecientes al destruido teatro, llegan a la recién restaurada "lámpara araña" de cristal, que una vez alumbró el lugar, y que provocó el incendio que lo destruyó. Cuando anuncian la maravillosa lámpara como objeto a subastar, Raoul recuerda lo sucedido en el teatro y es ahí donde comienza la historia, sucedida en 1870.

Una vez que la Carlotta tiene un accidente en el ensayo de una obra, al caerse el telón encima de ella, toma su lugar Christine Daaé, una joven corista de hermosa voz que cree estar inspirada por el Ángel de la Música, enviado, supuestamente, por su difunto padre, pero que es en realidad el Fantasma de la Ópera, un misterioso personaje que tiene la costumbre de siempre obtener lo que desea, aunque tenga que matar para hacerlo, y cuyo hogar está en los subterráneos de este, atravesando serpenteantes corredores e intrincados pasadizos.

Este Fantasma, después de la gran presentación de Christine, en la cual la corista reemplaza a Carlotta, lleva a la cantante a su hogar, encantándola con su canto, pero la corista comete el error de quitarle la máscara, y así ver el desfigurado rostro que posee este genio del arte, con lo que provoca su ira, pero luego la cantante logra que se calme y así que le devuelva a la superficie. El Fantasma atrae de una maravillosa forma a Christine, cantándole, y moviendo el interior de la corista con el melodioso sonido de su voz así logrando lo que él quiere, encadenarla de alguna forma a él, ya que está enamorado de ella.

Pero, para desagrado del Ángel de la Música, Christine se encuentra con el amor de su infancia, Raoul, ahora patrocinador de la Casa de la Ópera, del cual se enamora nuevamente, y él de ella, pero el Fantasma se pone celoso de este romance, e impide que el matrimonio secreto que tienen planeado se relice. Raoul y Christine se sienten acosados por este fantastma, en especial Christine, pero Raoul la protege. Nuestro personaje los deja en paz por un tiempo, pero el llegar el baile de máscaras de Año Nuevo, el Fantasma se presenta, para dar "unas pequeñas instrucciones", y entregar "Don Juan Triunfante", ópera escrita por él mismo, diciéndoles que será mejor para todos ellos realizarla.

Como plan para vencer al Fantasma y que la ley le haga justicia, deciden presentar su ópera, sabiendo que él participaría de una u otra manera en esta presentación, y ponen a Christine como protagonista, para atraer y "complacer" al fantasma. Después de una espléndida presentación, durante la que la bella corista se siente nueva y misteriosamente encatada con el cantar de este hombre. Christine comete su antiguo error pero delante de todos, él se la lleva a su hogar nuevamente, por un pasadizo subterraneo y provocando la caída del candelabro de cristal incendiando el teatro, pero esta vez, con la intención de no dejarla escapar más, apartándola de Raoul, su prometido, y atándola a él, obligándola a amarle.

Pero Raoul va al rescate de su futura mujer, y logra llegar a los aposentos del Fantasma, guiado por Madame Giry. Al llegar, el Fantasma lo atrapa con la intención de matarlo, pero cuando recibe un inesperado beso de su amada Christine, que ama a ambos hombres, pero de diferentes maneras, se da cuenta de la atrocidad que está cometiendo y, tras recuperar nuevamente la cordura, deja ir a los dos. Luego escapa a través de un espejo, por un pasadizo, en el cual nadie lo encuentra, a pesar de que cuando escapa con Daeé salen en su busca y llegan a su hogar subterráneo, pero después de que él logra refugiarse, escapando así nuevamente, del mundo que, a excepción de Madame Giry y Christine, solo ha mostrado su lado cruel hacia él, maltratándolo por su desfigurado rostro.

Todo termina de nuevo en el 1919, cuando el vizconde ya anciano visita la tumba de Christine. Entonces, triste y conmovido, su asombro se refleja en su rostro: sobre la tumba encuentra una rosa roja con una cinta negra y el anillo que el fantasma le dio a Christine, lo que significa que el Fantasma de la Ópera, tantos años después, continúa vivo y amando a Christine. Luego, la rosa toma color y se apaga una vela, acabándose así la película.

Originalmente,el Fantasma nació como Erik, el hijo de un maestro de la albañilería, en una pequeña ciudad no muy lejos de Ruan. Escapó muy pronto de la casa de su padre, dónde su cara deformada era objeto de horror y terror para sus progenitores. Durante un tiempo, frecuentó las ferias, dónde un dueño de un espectáculo de exposición de monstruos lo anunciaba como el cadáver humano. Viajó alrededor de Europa y Asia con los gitanos. Allí consiguió pericia acrobática y musical para convertirse en un genio alejado de la norma. También se convirtió en un experto ventrílocuo.

Eventualmente, terminó como asesino de la corte e ingeniero personal del Sha de Persia y construyó para él sofisticadas trampas y dispositivos de tortura (como el lazo de Punjab). Después de algún tiempo, el Sha tuvo miedo de que Erik supiese demasiado y decidió acabar con su vida. Erik se las arregló para escapar y hacer su camino a Francia de nuevo.

Erik usó sus habilidades arquitectónicas y consiguió un trabajo como uno de los arquitectos que construirán la Ópera Garnier de París. Bajo el edificio, un lago artificial había sido creado durante la construcción usando ocho bombas hidráulicas, porque existían problemas ya que el nivel del agua subterránea seguía subiendo. Sin que nadie se diese cuenta, Erik construyó un laberinto de túneles y pasillos en los niveles más bajos. Más allá del lago subterráneo construyó un hogar para sí mismo, dónde podría vivir protegido del resto de la gente.

Aún siendo un brillante inventor e ingeniero, Erik también era un genio musical, y empezó a visitar la Casa de la Ópera para escuchar óperas e interferir con el supuesto mal gusto del gerente. Al no poder enseñar su cara en público, se caracterizó como un fantasma y usó la violencia para chantajear a los gerentes de la ópera y atarlos a su voluntad. Explotó las supersticiones de los empleados y su conocimiento de los pasajes secretos del edificio, lo que le permitía llegar a cualquier parte de la ópera sin que nadie se diese cuenta. Aterrorizaba a aquellos que se negaban a atender sus peticiones e incluso mató gente para avisar. De cualquier manera, trataba bien a los que se comportaban de forma leal y le obedecían sus órdenes (como Madame Giry).

En esta versión cinematográfica, Erik es acogido desde muy joven por Madame Giry, quien le ayuda a esconderse de sus antiguos captores del circo donde Erik era presentado como como una horrible atracción. A su vez algunos eventos de la historia ocurren en orden diferente (como la muerte de Joseph Buquet) o algunos son modificados (como la caída del candelabro). El Persa, quién tiene un papel importante en el libro no aparece (siendo Madame Giry su suerte de reemplazo), y teniendo un cameo en el mono persa que tiene el Fantasma.

PIENSA EN MI

Piensa en mí, se va mi amor cuando y donde tú vas
Recuérdame todo está igual, promete que lo harás
Cuando estés muy lejos, cuando yo ya no te sienta más aquí
Si en tu aliento está ni nombre piensa un poco en mí.
Un sueño fue contigo lo viví, y ahora que nada es así
En un mundo de recuerdos yo me encierro en mí
Cierto es que el destino quiso unir dos puertas que aún estaban por abrir
Piensa en mi, solo tu ausencia puedo yo aprobar
Evócame cuando tu barco bogue por mi mar
Piensa en mí porque ni un día habrá que no amanezca con tu luz
No habrá noche en que mis sueños no aparezcas tú
(raoul)
No puede ser, no puede ser Christine ¡BRAVO!
¿Qué paso? El tiempo que paso, y que inocente pude ser
No se acordará de mí, yo tanto más que ayer.
(Christine)
Florecer, dar fruto y perecer, en cada historia es todo así
Más prométeme que a veces, pensarás en mí.

ÁNGEL DE MÚSICA

Bravo, bravo, bravísimo
Christine
Christine
Christine
Y donde estabas todo el tiempo, que gran lección diste
Habla y me cuentas tu secreto ¿con quien aprendiste?
Padre me hablo de ese ángel, a quien soñé descubrir
Que ahora está aquí en este instante, puedo yo sentir
Siento su voz hablar muy suave, sombras que están dentro.
Siento sus ojos al mirarme; él es el gran genio
Christine son sueños mentiras, no tengas esa actitud
Christine yo sé que deliras, ésta no eres tú
Ángel de música recuerdas, dándome tu gloria
¿Quién es el ángel?
Sal a la luz la espera es larga, cuéntanos tu historia
Hacia mi lado vas
Es tu temblor
Y al tocar mí
Piel que blanca está
Hay miedo en mí
No te alarmes

FANTASMA DE LA ÓPERA